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在我们之前的讨论中，我们强调了对猪微生物群进行科学合理的研究是多么具有挑战性。尽管如此，我们已经看到越来越多的关于这个主题的研究（图1）。随着更多信息的出现，你如何才能理解这些数据，并将其应用到猪舍中？
第1步–了解你的条件。
微生物组研究中使用了一些关键指标，有助于我们对结果的理解。 许多都是从“宏观”生态学中借用来的——毕竟，肠道中的细菌群落与大海中的鱼类群落没有太大区别。它们都与环境和栖息地的其他生物有关系。因此，了解这些指标将有助于正确解释有关微生物群的实验。一般来说，这些研究侧重于澄清给定样本中存在/不存在哪些微生物——它们回答了“谁在那里”和“有多少”这一一般问题？给定栖息地（如肠道）中不同种类/类型的微生物通常被称为群落多样性。单一栖息地中的这种物种多样性（如水果或细菌）（如断奶后第3天495号育龄猪的粪便）称为α多样性（图2），并考虑到两个主要方面：
- 物种丰富度：有多少不同类型的细菌/物种。
- 物种均匀度：这些物种的分布（丰度），或者是一种微生物占优势（更丰富）。
有许多指标用于衡量α多样性，最常见的是香农指数、Chao1指数或辛普森指数。每一个都反映了α多样性的不同方面。你会在微生物组研究中经常看到这些指数，反映了样本内的多样性。
在比较两个栖息地的细菌群落（例如，使用抗生素处理与未使用抗生素处理的猪粪便样本）时，我们调查了它们的β多样性——样本之间的相似性。这些群落有很多共同点吗（例如，我们能在粪便样本A和B中找到相同的细菌吗，图3）？它们是相似的还是不同的？同样，有许多指标用于衡量这一点，如Unifrac、Jaccard、Bray curtis差异性等。这些指数考虑了群落多样性的不同方面，例如微生物之间的（系统发育）遗传关系，或每个样本中微生物的丰度。
一般来说，在猪的一生中，肠道微生物的α多样性趋于增加，β多样性趋于减少（图4）。
步骤2–研究是否包括适当的对照？
在微生物组学研究方面，应尽一切努力尽量减少污染物的影响。微生物DNA无处不在（即使微生物已经死亡，它们的DNA也还存在），而当前的DNA测序技术只能检测到非常少量的微生物DNA（如第1部分所述）。因此，研究不仅必须包括适当的实验组（例如，在同一批次中使用抗生素或未使用抗生素的猪，饲喂相同的日粮等），而且还必须包括合适的对照组（空收集管、无样品的测序试剂盒），以帮助识别污染物并将其从分析中去除。如果研究中没有披露这些信息，任何结论都可能存在缺陷。
第三步——生物学意义和P值之外（或者：它真的对动物产生了影响吗？）
微生物群落结构很容易受到干扰。例如，肠道微生物群容易受到日粮、物理空间和抗生素的影响。干预很容易导致群落组成发生重大变化（α和β多样性）。在过去几十年中，为证实这一点，进行了非常重要的工作。然而，生物学意义的证据是关键。微生物做的许多“工作”都是多余的。例如，肠道微生物群的许多成员可以产生相同的短链脂肪酸。因此，微生物群落组成（或“谁在那里”）的变化可能不如他们所做的重要。重要的是要寻找间接证据证明后者受到干预的影响，这可能以不同的方式出现：生长速度、疾病抵抗力、肠屏障功能。这确实取决于研究，但应该报告。
与任何其他尖端技术一样，在将研究从实验室工作转移到猪场时，可能会丢失一些重要方面。随着微生物组调节及其在养猪生产中的应用越来越清晰，我们应该看到新的策略来帮助提高性能和疾病抵御能力。
333团队
