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临床症状
很多肺炎支原体感染是亚临床性的。肺炎支原体感染会使料肉比增高、日增重下降并且使猪的体重差异变大。临床症状中以干咳最为典型。在实验条件下，咳嗽出现在肺炎支原体感染之后的第10-14天，在4-5周时达到最严重，之后逐渐减弱直到消失。在生产条件下，咳嗽在保育舍、生长舍、育肥舍都可能出现，并且通常是大面积出现。如果是跟其他呼吸道病原发生混合感染，则肺部病变会更加严重。
肺炎支原体是导致猪呼吸道疾病综合症（PRDC）的重要病原之一。猪呼吸道疾病综合症（PRDC）既有细菌性病原（与地方性肺炎相关细菌）也有病毒性病原（PRRS，PCV2，伪狂犬、猪流感及猪呼吸道冠状病毒等）。PRDC的临床症状特点是生长缓慢、饲料转化效率下将、厌食、发烧、咳嗽和育肥猪呼吸困难等。
诊断
推断性诊断可以根据：外在的临床症状（慢性干咳及生产性能下降），肺头腹部宏观实变（见图），以及特征性的的细支气管周围和血管周围组织病理性结节。但是，无论是外部临床症状还是肺部病变都不是肺炎支原体的特异性病征。并且，混合感染往往会造成肺炎支原体一些非典型的症状。
肺炎支原体实验感染之后在肺头腹部引起的卡他性肺炎症状
临床症状和组织病变都可以通过评分系统进行量化。根据在设定时间内观察到的猪咳嗽的数量所制定的咳嗽指数被证明与现场感染情况一致 (Maes et al., 1999; Nathues et al. 2012)。肺部病变的检查可以通过剖检死猪或者活猪实现，也可以在屠宰场进行。为了能够更加可靠得反应肺炎支原体在整个猪群的流行程度和肺部病变的严重程度，至少应对30头猪进行检查(Davies et al., 1995)。亚临床感染会降低猪的生长表现，但是不表现外部症状，屠宰检验有助于检出亚临床性的感染。
大部分的评分系统是基于对肺部表面视觉的主观判断，因此出现误差的概率比较大。严重的胸膜炎症状可能会掩盖肺部症状，育肥后期肺部症状的自愈可能会导致出现假阴性的判断。因此，评分方法的主观性、肺部病变的恢复以及病变的非特异性都会对准确的病因诊断造成阻碍。
支原体肺炎诊断的黄金标准是对肺炎支原体的分离，但是在生产实践中分离肺炎支原体并不现实，因为分离过程困难、昂贵和耗费时间。结论性诊断通常是建立在对（部分）病原的PCR检测或者是通过荧光免疫方法进行的抗原检测，以及血清学方法。
目前针对肺炎支原体的诊断有多种PCR方法可供使用，可用样品包括鼻腔和支气管取样、支气管肺泡灌洗液（BAL）或死亡猪的肺组织。生产实践中，对活猪进行鼻腔拭样非常容易，但是灵敏度相比使用支气管样品或者支气管肺泡灌洗液（BAL）较差。
Vranckx 等人（2012）使用qPCR检测支气管肺泡灌洗液（BAL）的方法对4个不同猪群中不同年龄组的猪的感染负载量进行了研究（图1）。最大的感染数量出现在了大年龄组。并且该试验的研究人员也向我们展示了qPCR检测支气管肺泡灌洗液（BAL）得到的肺炎支原体数量与肺部病变的严重程度表现出正向相关。
通过对不同年龄段的猪取血液样品检测血清抗体水平的方法可以对大量的猪的感染情况和感染方式进行调查。采用横断面取样的方法可以快速取得结果。而连续采样可以实现对一个猪群感染随时间的变化进行调查，并且可以获取到更多关于感染顺序的信息。
肺炎支原体的血清学检查只能在群体水平上做解释。现有的商用ELISA方法测到的抗体水平与实际保护水品并不存在相关关系。生产实践情况下的血清转化一般需要3-8周或者更多。
图1. nPCR方法检测四个不同猪群中6、10、14周龄以及在屠宰时猪支气管肺泡灌洗液中肺炎支原体的数量（每毫升中数量的平均log值）