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猪流感是感染猪的高传染性呼吸系统病毒，其已在生猪密集区域成为地方流行性疾病。其可造成感染猪群的重大经济损失，且有可能对人类健康造成威胁，因猪流感是人畜共患病。对猪流感病毒的不断了解是预防和控制该病的必不可少的一部分，且可为该病种间传播分析提供基准线，与流感预防一致。
猪流感病毒属于流感病毒A属，正黏病毒科。其基因组由8个独特的负链RNA片段组成。通过其主要抗原决定簇，表面血凝素糖蛋白（HA）和神经氨酸苷酶(NA)来命名其亚型。一种新的猪流感病毒出现可能是由其他物种传播而来，主要病毒抗原通过变异而发生改变（位移），基因重组（2个或多个病毒间基因交换）。当HA和NA基因在重组时交换会导致抗原位移。
目前3种亚型(H1N1, H3N2, H1N2)在全球范围内流行，但它们的起源根据区域而不同，数种基因宗谱可存在于一种亚型中。在欧洲，主导猪流感亚型为H1N1，其来源于禽，1979年通过水禽传给猪，并被称为“类禽H1N1猪流感病毒”(H1avN1)。1968年，H3N2流感病在香港流行后不久传入欧洲猪群，但只在其与H1avN1病毒重组后（从H1avN1病毒获得6个内部基因）才造成广泛的流行。这种“类人类重组猪H3N2流感病毒” (H3N2)是目前欧洲猪群的主要H3N2病毒亚型。1994年，H3N2获得了人H1N1病毒（来自20世纪80年代）的HA基因，导致了目前主导的“类人类重组猪H1N2猪流感病毒” (H1huN2)。这3种猪流感病毒共同流行很多年，自2000年出现了新的重组病毒（这些流行病毒之间，或在猪流感和季节性人流感之间）。第二代重组病毒如rH1avN2 和rH1huN1的出现导致了抗原漂移，但此种分离株通常为散发，且仅有rH1avN2病毒在某一区域替代了常见的H1huN2。除了重组外，通过抗原漂移的病毒进化仅在去年在欧洲猪群出现，但尚不清楚其亚型。直到2009年猪源H1N1(H1N1pdm)病毒大流行，欧洲猪群的流感病毒流行相对稳定。
2014年欧洲猪群检测到的猪流感病毒
H1N1pdm是美国3重重组猪流感病毒株（表现出典型的HA和猪源，人源和禽源基因）和H1avN1病毒（首先获得NA和基质蛋白基因）的重组株。猪对这种猪源人流感病毒非常易感，且其在人出现后不久，就在世界范围内爆发了多次这种反向人畜共患病。该病毒在猪中适应，并在大部分主要生猪生产国包括欧洲出现在猪群中。不久就检测到了种间传播，数种猪流感病毒和H1N1pdm之间的重组病毒。这种新型的“类H1N1pdm重组病毒”包括如H1N1pdm病毒（从欧洲猪流感病毒获得N1 或 N2基因），或者H1huN2病毒（从H1N1pdm获得内部基因）。
具有明显标识的HA的4种病毒品系在欧洲猪群中共同流行，即使他们在不同国家的流行性和发病率水平不同，仍可被认为是地方流行性动物病。主导的流行株仍然是最老的H1avN1，其次是H1huN2，H1N1pdm和H3N2。H3N2亚型在一些区域仍然流行，但在另一些区域已不存在。有趣的是，在多年不存在H3N2的区域却是H1N2 (H1huN2 或 rH1avN2)流行性最高的区域。H1N2重组株包括来自H1N1pdm病毒的基因，其在过去2年内越来越频繁的被检测到，这表明它们中间的某些病毒株已在猪群中流行。说明了欧洲猪流感病毒多样性和基因复杂性的增加，并为动物传染病提供可能的影响。
高度鼓励对该病毒进行持续的监控和知识更新，且在养殖户，兽医，科学家，利益相关者和政府之间知识共享。