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动物生产上已经应用了大量为人类生物学开发的分子生物技术，其中亲子鉴定在养猪生产中的使用频率越来越高。迄今为止，用的最多的是基于微卫星分子标记的技术，使用最频繁的测定多态性的技术是片段分析。这些标记通常是2-6个碱基对的重复序列，尽管它们并不转录任何蛋白，并且在不同个体之间它们的重复数量不同，同一物种不同个体动物之间，重复序列两侧序列相同。这些侧翼序列被用来设计PCR引物，然后使用测序仪我们就可以“数”出每个微卫星中重复序列的数量。
每个动物个体都会从它的父亲和母亲获取一定数量的重复序列。通过对一定数量的微卫星进行组合，我们可以得到一个图谱，然后通过与其他动物对比我们可以得出指定猪的父母本的信息。
但是，我们期望在那些方面应用这种测试呢？其中一个主要原因是，为了保证受胎率，通常人工授精使用的是多精剂量的（不同公猪精液混在一起）。这样就很难知道不同仔猪的父本，并且很难知道某头公猪是否给群体带来异常（外形或者病理）。随着繁殖技术的进步，公猪饲养数量越来越少，每只公猪潜在影响到的母猪以及相应仔猪数量越来越多。幸运的是我们可以使用分子生物学的技术来判断出哪头仔猪是哪头公猪的后代。
亲子鉴定的一些实际用途：
- 确保家谱纯正：特别是对于育种公司，对于性状特点进行评估是必须要知道猪的身份。很多公司选择对对全部的动物进行测定，这样在家谱树上就不会出现任何错误。
- 识别引起形态学改变的公猪：很多公猪是腹股沟和阴囊疝潜在介导体，实际上这也是我们过去3年中对我们的动物进行测试的主要目的。在一些猪场，由于公猪数量的减少导致仔猪疝气7-10%的增加。
- 判定公猪对于特定病原的影响：我们测定了一些公猪对于一些病原易感性的介导性，如对一些肠道病原和对一些新的综合症如断奶前后发育失败综合症（PFTS）。在我们所检测的一些公猪中，发现有的公猪产生的仔猪患病几率非常高，而当把这头公猪从公猪群中移出后，仔猪患病率显著下降。目前也有一些国际研究项目在专注于研究个体猪对于不同病原如PRRS的抗性。
- 皮毛颜色：有时候我们检测的纯种大白的后代会出现皮特兰猪皮肤一样的斑点。如果一个客户购买了纯种大白公猪回去跟自己的大白母猪进行交配，结果产下了斑点猪，这在商业上是行不通的。这可以通过亲自鉴定技术进行避免。
我们必须说明，很多这些变异是多基因的，并且母本对于这些变异的影响也很大，但是对公猪进行检测相比对母猪进行检测要简单和便宜的多。因此，如果发现某头公猪对某个母猪群体存在负面影响，宜将这个公猪剔除，虽然可能并不是这头公猪本身的原因。我们也必须说，分子标记技术正在以极快的速度发展，目前应用在以上用途还是稍显昂贵，距离大规模应用尚需一段时间。
（翻译：曹杰）
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