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新生仔猪腹泻是全球养猪业中最常见的问题之一。这主要是因为它具有传染性，并与不当的日常清洁和杀菌处理有直接的关系。大量使用设备对分娩舍的生产力产生巨大的影响，即会降低或消除对条板箱的清洁和消毒。最终会引发周期性的腹泻传染问题。因此大家总是设法用最好的清洁剂/消毒剂来控制这个疾病。但是，还是没有合适的清洁干燥方法。与这种情况相关的常见的传染源是产毒素的大肠杆菌(ETEC)，轮状病毒A、B、C，产气荚膜梭菌A、C，艰难梭状芽胞杆菌和等孢子球虫。即使在严格管理的条件下，像猪传染性胃肠炎病毒(TGEv)、猪流行性腹泻病毒(PEDv)和猪三角冠状病毒，这样的轮状病毒也足以引发腹泻问题，如果清洁管理差的话，情况就更糟糕了。
成功诊断感染的新生仔猪腹泻的第一步是选择仔猪。通常要选择那些刚刚开始有腹泻临床症状但还没有表现出无精打采或脱水的仔猪。对于检测或不检测的主要病原体(像轮状病毒和冠状病毒)，选择刚刚出现病状的仔猪是很关键的。在近期感染的猪的肠道中，病毒颗粒的数量要远远高于慢性患病的仔猪。慢性感染的仔猪会失去上皮细胞层，导致病原和/或RNA很难被发现。
用于诊断新生仔猪肠道病原体的最佳样品是提交的活猪样品。因为组织病理学是主要的诊断步骤，对于全面评估肠道细胞组织损伤和检测感染源来说，死亡时间和自溶是主要的障碍。例如，猪在死后20-30分钟，由于自溶作用，肠细胞绒毛会扩散分离，这样就不能对ETEC 和等孢子球虫进行组织学检测。猪死后两小时，由于自溶作用，从肠道中间到绒毛的所有组织都变成了嗜酸性粒细胞(与其它细胞没有差别)。由于大部分样品都是在收集后第二天才能送到诊断实验室，所以提交新鲜肠道样品是受限的，甚至会妨碍合理的组织学评估。因此，如果你不能给诊断实验室提交活体样品的话，那么在仔猪安乐死后采集肠道样品是很必要的。将肠道剪成2-3厘米的长度，回肠两段、空肠4-5段、盲肠1段、接近结肠1段、结肠两段，它们必须要放在塑料袋/塑料箱中，用10%的福尔马林固定。此外，还要采集肠系膜淋巴结和肝脏组织用于组织病理学研究。所有这些样品都用于组织病理学评估，在一些病例中，也有些样品用于免疫组织化学研究(PED、TGE、轮状病毒)或原位分子杂交(ISH)。
除了福尔马林固定样品外，采集和提交新鲜样品用于微生物学、病毒学和分子生物学检测也是很重要的。长度在10-15厘米的回肠、空肠、剩余部分盲肠和螺旋结肠段必须要存储在塑料袋中。为了避免污染，肠系膜淋巴结和肝脏组织碎片也应该收集并存储在不同的袋子中。
