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预测疫苗对新出现的病原体菌株的效力是人和动物疫苗研究中的一个重要问题。T细胞表位的交叉保存可能在交叉株疫苗的免疫效果中起重要作用。虽然甲型流感病毒（IAV）血凝抑制（HI）抗体滴度被广泛用于预测1种IAV疫苗对新菌株的保护效果，但尚未发现T细胞表位具有类似的保护相关性。我们开发了一种计算方法（EpiCC），该方法基于免疫特性（T细胞表位含量而非序列同一性）促进蛋白质序列的成对比较，并评估了其对猪IAV株相关性进行分类的能力，以评估疫苗株对流行病毒的交叉保护潜力。评估了23个IAV HA序列的T细胞表位相关性评分，这些序列代表了北美猪中流行的主要甲型猪IAV系统簇和商品灭活疫苗（FluSure XP®）中的HA序列。将得分与先前功效研究的实验数据进行比较。
在23株田间IAV株疫苗比较中，EpiCC评分越高，疫苗对菌株的保护越强。在没有交叉反应HI抗体的情况下，确定了与完全或部分保护相关的EpiCC相关阈值。还计算了尚未获得FluSure保护功效的田间菌株的EPIC分数。
在未来的疗效研究中，可以评估EpiCC阈值对保护的预测准确性。EpiCC还可以补充HI交叉反应性和系统发育，用于疫苗开发中流感病毒株的选择。
来源：Gutiérrez AH, Rapp-Gabrielson VJ, Terry FE, et al. T-cell epitope content comparison (EpiCC) of swine H1 influenza A virus hemagglutinin. Influenza Other Respi Viruses. 2017; 11: 531-542. https://doi.org/10.1111/irv.12513