0
塞内卡病毒A（SVA）是单链正义RNA病毒，属于小RNA病毒科塞内卡病毒属。第一株SVA菌株SVV-001被鉴定为PER.C6细胞系上清液中的污染物。SVA在加拿大首次被发现可引起猪特发性水泡病（PIVD），会导致猪的鼻腔和口腔中发生糜烂和水泡。此后，美国、巴西、中国、泰国和哥伦比亚都出现了大量的报告。
自2015年SVA在中国首次出现以来，尚无从猪体内分离出SVA的报道，仅从囊泡液中分离出SVA。在此，我们确定了2018年6月从中国一家屠宰场无症状猪上分离的SVA株GX2018-92的全基因组序列。该猪未出现任何病理变化，但经RT-PCR检测，SVA-RNA阳性。将其过滤后的上清液接种到BHK细胞，连续盲传三代，直到观察到细胞病变效应。通过菌斑形成试验纯化病毒，并使用TRIzol（美国赛默飞世尔）提取mRNA。采用一步法引物RT-PCR试剂盒（日本TaKaRa Bio公司）和8对引物（根据SVV-001菌株[GenBank登录号NC_]和中国株[GenBank登录号MF893200]的序列设计）进行RT-PCR，扩增SVA的全基因组。
对PCR产物进行了克隆和测序（中国Sangon）。用cDNA末端快速扩增试剂盒（RACE；3′RACE和5′RACE）测定5′和3′末端序列。所有片段经双向扩增和测序三次，由DNAStar组装读段以构建SVA菌株GXT2018-92的近全长基因组。
该菌株由7280个核苷酸（nt）组成，其结构与小RNA病毒科其他病毒相似。它由一个668nt5′非翻译区（UTR）、一个66nt3′非翻译区和一个开放阅读框（ORF）组成，其从659位到6546位对应，并编码2182个氨基酸多肽。多蛋白由一个先导蛋白（L）、四个结构蛋白（VP4、VP3、VP2和VP1）和七个非结构蛋白（2A、2B、2C、3A、3B、3C和3D）组成。系统发育分析表明，GXY2018-92与中国菌株KY419132和KY747510的亲缘关系比GenBank中其他SVA菌株的亲缘关系更为密切。尽管GXT2018-92病毒是从亚临床猪样本中分离出来的，但它与其他可能引起水泡症状的菌株并不属于不同的进化分支。GXY2018-92与SVA株SVA/HLJ/CHA/2016（GenBank登录号KY419132）和SVV-001（GenBank登录号NC_011349）在核苷酸水平上的同源性分别为97.7%和93.2%。它与经典株SVV-001的同源性最大，表明该流行株的核苷酸在持续突变。
总之，这些GXT2018-92的基因组数据将有助于了解SVA的分子进化特征。
来源：Zhang Z, Ni B, Zhang L, et al. Complete Genome Sequence of a Novel Senecavirus A Isolate from an Asymptomatic Pig in China. Microbiol Resour Announc. 2019;8(14):e01660-18. Published 2019 Apr 4. doi:10.1128/MRA.01660-18