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以前对食品动物的研究表明，在特定分离的细菌种类中，抗菌药物用量（AMU）和耐药性（AMR）之间存在关联。跨国性数据很少，只能描述国家间的差异。本文我们在猪场水平上调查了整个欧洲猪粪便耐药基因与耐药性之间的关系。对来自9个欧洲国家的176个传统猪场进行了横断面研究。每个猪场收集25份育肥猪粪便样本，利用宏基因组测序和Resfinder参考数据库（即水平获得的耐药性基因（ARGs）的完整集合）测定获得的耐药基因组。计算每百万个细菌片段（FPKM）每千碱基参考的标准化片段抗性基因。收集具体的猪场水平数据（抗菌药物用量、生物安全水平）。按国家进行随机效应荟萃分析，将猪场水平数据与相对耐药性基因丰度（FPKM）相关联。
育肥期间的总抗菌药物用量与总耐药性基因（总FPKM）呈正相关。在广泛使用的大环内酯类和四环素类药物，以及与各自抗菌类相对应的耐药性基因之间，观察到了正相关性。β-内酰胺类抗生素与抗菌药物用量-耐药性基因无显著相关性，尽管在年轻猪中大量使用这些抗菌类药物，但仅发现少量的粘菌素-耐药性基因。内部生物安全水平的提高与耐药性基因的高丰度直接相关，耐药性基因主要编码大环内酯类抗生素抗性。在相互调节的模型中，这些生物安全效应与抗菌药物用量无关。
在关联研究中使用耐药基因组数据是史无前例的，为先前观察到的抗菌药物用量-耐药性关联增加了准确性和新的见解。猪耐药基因组的主要组成与猪场抗菌药物用量和生物安全水平呈正相关。
来源：Van Gompel L, Luiken REC, Sarrazin S, et al. The antimicrobial resistome in relation to antimicrobial use and biosecurity in pig farming, a metagenome-wide association study in nine European countries. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2019; 74(4): 865–876. https://doi.org/10.1093/jac/dky518
