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与细菌的抗菌素耐药性（AMR）相关的人的发病率和死亡率正在增加。在家畜中使用抗微生物制剂产生的抗菌素耐药性随后可转移至人体中。宿主间抗菌素耐药性转移使对牲畜和人类进行监测显得尤为重要
我们对来自9个欧洲国家（比利时，保加利亚，德国，德尼马克，西班牙，法国，意大利，荷兰和波兰）的181头猪和178个家禽养殖场的抗性基因库（抗性组织）进行了量化和表征，通过宏基因组学对5,000 Gb AND进行测序。本研究在9,000多头受试动物中发现了407种抗生素抗性基因。
我们使用ResFinder数据库和为该研究构建的第二个数据库对获得抗菌素耐药性进行量化，该数据库由通过筛选环境DNA鉴定的抗菌素耐药性基因组成。
耐药性在生猪和家禽中存在着多样性和组成的巨大差异。国家在耐药性的情况上有着重要的影响，在这一点上猪比家禽更为明显。研究发现猪存在更高的耐药性，而家禽的耐药性则更具多样性。检测中我们发现了近期比较常见的抗生素耐药性因子，包括mcr-1和optrA, 其多样性在宿主和国家间不同。
我们发现抗菌素耐药性的检测量和特定国家在畜牧养殖中的抗生素使用量有关，抗生素使用情况相似的国家检测出相似程度的耐药性。然而，功能导向的抗生素耐药性因子并不受到用药总量的影响。
在猪样品中获得的结果的同质性也是相关的：在其中大多数中，已发现四环素，大环内酯类，β-内酰胺类和氨基糖苷类抗性基因。另一方面，在肉鸡样品中，获得的结果存在很大差异性，已发现针对相同抗生素的抗性基因，但在测试样品中的量差异很大。
Patrick Munk, et al. Abundance and diversity of the faecal resistome in slaughter pigs and broilers in nine European countries. Nature Microbiology 2018. DOI: 10.1038/s41564-018-0192-9.