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在该纵向研究中，我们在一年内从5个母猪场的3个不同猪群收集了4,190份鼻拭子样本。 207份（4.9％）样品的聚合酶链反应（PCR）检测为甲型流感病毒阳性，且分离到124株甲型流感病毒。我们对123株甲型流感病毒分离株的完整基因组进行了测序，发现了31个H1N1，26个H1N2，63个H3N2和3个混合甲型流感病毒。基于甲型流感病毒血凝素，鉴定了七种不同的甲型流感病毒组（VG）。大多数剩余的甲型流感病毒基因区段允许我们区分相同的甲型流感病毒组，但基因片段3（PA）鉴定出了另外的病毒组。此外，在不同级别（猪场，猪群和个体猪）上检测到了多个共同的甲型流感病毒组，突出了可能的甲型流感病毒重组环境。另外，5个猪场中有3个猪场的甲型流感病毒分离株（n = 5）含有来自多于一个病毒组的基因片段，且79％的测序的所有的甲型流感病毒在基质基因中含有标志性基因突变（S31N），其与抗病毒金刚烷胺耐药性相关。在猪场间，一些甲型流感病毒仅被检测到一次，而其他一些病毒则被检测到283天。
我们的研究结果表明随着时间的推移，母猪场内不同甲型流感病毒的持续和沉降，表明猪群动态对更好地了解猪甲型流感病毒多样性和流行病学的重要性。
重要性：在全球范围内，猪是甲型流感病毒（IAV）的主要宿主之一，对甲型流感病毒物种间传播起关键作用。 此外，2009年的甲型流感病毒大流行突出强调了猪在甲型流感病毒大流行中的作用。 然而，关于母猪场中甲型流感病毒的多样性和分布情况的信息有限，在母猪场很可能会出现新型甲型流感病毒。 在该项研究中，我们在一年内研究了5个母猪场，并对饲养在这种猪场的3个猪群的甲型流感病毒的基因多样性进行了概述。 使用第二代测序技术，我们概述了所研究猪群中甲型流感病毒的复杂分布和多样性。我们的研究结果表明了母猪场内甲型流感病毒的动态进化，其对改善健康干预措施，以降低猪与猪之间，以及猪与人之间传播的风险至关重要。
Diaz A, Marthaler D, Culhane M, Sreevatsan S, Alkhamis M, Torremorell M; Complete Genome Sequencing of Influenza A Viruses within Swine Farrow-to-Wean Farms Reveals the Emergence, Persistence, and Subsidence of Diverse Viral Genotypes; J Virol. 2017 Jun 28. pii: JVI.00745-17. doi: 10.1128/JVI.00745-17.