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DNA测序技术的发展使以较低的成本产生大量的序列数据成为可能。其可这直接从临床样本中检测和鉴定微生物，称为元基因组测序。对从美国东南部的2个一级和2个二级市场屠宰场和一个淘汰生猪购买站采集的5份鼻拭子和5份粪便拭子进行病毒元基因组测序。序列被重新组合并通过同源性分析以检测样本中病毒的存在。
共确定了27种不同的病毒。在几乎所有的样本中（50中的47份样本）均发现不同属的单链环状DNA病毒。存在于5个采样地和超过半数的样本含有博卡病毒，环曲病毒，札幌病毒，细环病毒，小双核糖核酸病毒和捷申病毒。存在于多个采样点且超过20%的样本含有肠病毒，细小病毒，流感病毒A，佩洛病毒和塞尼卡病毒A。其它检测到的重要的病毒为圆环病毒2型，猪流行性腹泻病毒和猪德尔塔冠状病毒。
总之，实验结果表明元基因组测序使检测和鉴定病毒的有效方法。
Hause BM, Duff JW, Scheidt A, et al. Virus detection using metagenomic sequencing of swine nasal and rectal swabs. J Swine Health Prod. 2016;24(6):304–308.