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为了了解免疫猪感染时流感病毒A型(IAVs)的演变，我们用三元重组H1N1流感病毒A实验感染3周龄猪，并让感染猪与同样日龄的免疫猪（10头）直接接触。在感染期间的2个不同时间点采集鼻拭子，并通过深度测序这个基因组以在体内水平评估基因多样性和病毒演变。我们从13个样本获得了13个IAV宏基因组，样本包括病毒培养液和来自6头IAV阳性猪的样本（每头猪采集2个样本）。感染产生了一定数量的异构等位基因（序列变异），其是一个随时间变化的动态过程。共鉴定到794个基因多态性，其产生了327等位基因，其中214个为独特序列。共转录了43个独特的血凝素蛋白，其中2个凝血素蛋白在多头猪中均观察到， 而神经氨酸酶（NA）则保持不变，在整个实验过程中仅发现一种主导神经氨酸酶。IAVs的基因多样性在猪本事和猪之间呈动态变化。但在内部基因片段观察到的替换大部分都是同等的。
实验发现惊人的IAV多样性，及IAV在感染免疫猪时的复杂性，快速的和动态的演变，此仅能通过对个体动物重复取样和深度测序而鉴别。
Diaz A, Enomoto S, Romagosa A, Sreevatsan S, Nelson M, Culhane M, Torremorell M. Genome plasticity of triple-reassortant H1N1 influenza A virus during infection of vaccinated pigs. J Gen Virol. 2015 Oct;96(10):2982-93. doi: 10.1099/jgv.0.000258. Epub 2015 Aug 5. PMID: 26251306